Als jüngste der Kirchen in der linksrheinischen Innenstadt sticht St. Gertrud durch ihre markante Architektur sofort ins Auge.
Nachdem die Pfarrgemeinde St. Agnes bereits 1953 ein schmales Grundstück in unmittelbarer Nähe zum Eisenbahndamm gekauft hatte, um hier eine Kirche für die neue Gemeinde St. Gertrud zu erbauen, beauftragte man 1960 den renommierten Architekten Gottfried Böhm mit dem Bau einer modernen Kirche mit angeschlossenem Pfarrzentrum und Wohneinheiten. Neben einer Kirche mit 250 Sitzplätzen und gegebenenfalls einer eingefassten Krypta, sollte das Bauwerk einen Glockenturm, Nebenräume wie eine Sakristei, vier Wohnungen für Geistliche und Angestellte, einen Kindergarten, eine Bücherei und ein Jugendheim umfassen.
Der Betonbau im Stile des Brutalismus wurde 1962-1965 erbaut und am 13.Oktober 1965 geweiht und der Gemeinde übergeben. 1967 erhielt der Architekt für den Bau mit seinen asymmetrischen Formen und der Ausführung in Beton den Kölner Architekturpreis.
1991 wurde die Gemeinde erneut in die Pfarrgemeinde St. Agnes eingemeindet. Spätestens seit dem Zusammenschluss der Gemeinden St. Kunibert, St. Gertrud, St. Ursula und St. Agnes zum 1. Januar 2010 wurde der Ort nur noch sporadisch für Gottesdienste genutzt.
Dennoch sollte St. Gertrud als Kirchenraum erhalten und einer neuen Nutzung zugeführt werden, die einen Ort der Begegnung, des Gebetes und der kulturellen Auseinandersetzung entstehen lassen sollten.
Ergebnis der Überlegungen war das seit mittlerweile vielen Jahren an diesem Ort etablierten Konzept »sankt.gertrud: kirche+kultur«. Regelmäßige künstlerische Angebote reagieren auf die theologische, liturgische und architektonische Geschichte der Kirche.
»sankt gertrud: kirche+kultur« ist als Modell für ein weit gefasstes kulturelles Netzwerk angelegt. Gemeinsam mit verschiedenen Akteuren und Institutionen hat sich Sankt Gertrud zu einem Ort entwickelt, an dem Menschen existentielle Fragestellungen aufgreifen und sich künstlerisch mit ihnen auseinandersetzen. Die Ergebnisse dieses kreativen Diskurses sind immer wieder im Resonanzraum Sankt Gertrud zu sehen, zu hören, zu erleben.
Mit Eintragung vom 25. Juli 2006 wurde St. Gertrud und das angeschlossene Gemeindezentrum als Baudenkmal in die Kölner Denkmalliste aufgenommen.